연구개발비 절세 – 직무발명 보상제도의 활용

기업의 가장 귀중한 자산인 ‘기술’과 ‘인재’를 동시에 보호하고 성장시키는 핵심적인 법률 제도가 바로 ‘직무발명보상제도’입니다.


이는 단순히 발명자인 직원에게 보상을 제공하는 차원을 넘어, 회사의 핵심 지식재산(IP) 권리를 법적으로 안정하게 확보하고, 연구·인력개발비(R&D)에 대한 세액공제 혜택을 통해 기업의 재무 건전성을 높이는 고도의 경영 전략에 해당합니다.


그러나 2024년부터 직무발명보상금에 대한 세법 규정이 개정됨에 따라, 제도를 어떻게 운영하는지에 따라 효과적인 ‘절세’ 수단이 될 수도, 예기치 못한 ‘세금 리스크’를 초래할 수도 있게 되었습니다. 특히 대표이사, 창업주 및 그 특수관계인에게는 개정 세법의 영향이 직접적으로 미치므로, 보다 정밀한 법률 검토와 전략적 접근이 요구됩니다.


본고에서는 특허법률 전문가의 관점에서, 기업 경영자가 직무발명보상제도를 전략적으로 활용하고 잠재적인 세무 리스크를 관리하기 위한 핵심 사항을 법규에 근거하여 제시하고자 합니다.

1. 직무발명보상제도의 법적 의의와 필요성

많은 경영자가 간과하는 부분은, 별도의 규정과 계약이 없다면 직무발명의 권리는 원칙적으로 발명자인 직원에게 귀속된다는 사실입니다. 발명진흥법에 따르면, 회사는 직무발명에 대해 무상으로 사용할 권리(통상실시권)만을 가질 뿐, 특허를 받을 수 있는 권리나 특허권 자체를 자동적으로 승계하지 못합니다.


만약 기업 내에 체계적인 ‘직무발명보상규정’이 부재할 경우, 다음과 같은 치명적인 경영 리스크에 직면하게 됩니다.

• 핵심 기술의 유출 위험: 핵심 기술을 개발한 직원이 퇴사 후 경쟁사로 이직하거나 동종 업체를 창업하여 해당 기술을 사용하더라도, 회사가 이를 법적으로 제지할 실효적 수단이 부재합니다.
• 사업 확장 및 수익 창출의 제약: 회사는 해당 기술의 독점적 소유권자가 아니므로, 제3자에게 라이선스를 부여하여 수익을 창출하거나 기술을 이전하는 데 법적 제약이 따릅니다.
  
  
  따라서, 적법한 절차에 따라 마련된 ‘직무발명보상규정’은 회사가 발명 직원으로부터 특허권을 안정적으로 승계하고 핵심 IP를 자산화하기 위한 필수적인 법적 장치입니다.
  

2. 직무발명보상제도의 세제 혜택: 비용이 아닌 투자

직무발명보상제도는 기업과 직원 모두에게 강력한 세제 혜택을 제공함으로써, 단순한 비용 지출이 아닌 미래를 위한 투자로서의 가치를 가집니다.

• 기업 측면 (법인세 절감): 직원에게 지급한 직무발명보상금은 조세특례제한법에 따라 연구·인력개발비로 인정되어, 지출액의 일정 비율을 법인세에서 직접 공제받는 ‘세액공제’ 혜택을 적용받습니다. 이는 보상금 지급에 따른 현금 지출을 상당 부분 상쇄하는 효과를 가집니다.
  
• 직원 측면 (소득세 비과세): 발명자인 직원은 소득세법에 따라 연간 700만 원 한도 내에서 직무발명보상금을 비과세 소득으로 인정받습니다. 이는 근로소득으로 과세되는 일반적인 급여 인상보다 직원에게 실질적으로 더 큰 동기 부여 수단이 될 수 있습니다.
  • 재직 중 수령 시: ‘비과세 근로소득’으로 처리합니다.
  • 퇴직 후 수령 시: ‘비과세 기타소득’으로 처리하며, 연간 700만 원의 한도는 재직 중 수령액과 퇴직 후 수령액을 합산하여 계산합니다.
    

3. 2024년 세법 개정: 특수관계인에 대한 비과세 혜택 배제

2024년 개정 세법의 핵심은 직무발명보상금 비과세 혜택 적용 대상에서 ‘특수관계인’을 제외한 것입니다. 이는 제도를 악용한 법인 자금의 사적 유용을 방지하기 위한 조치입니다.


소득세법 시행령에서 규정하는 ‘특수관계인’이란 법인의 ‘지배주주등’ 및 그와 특수관계에 있는 자를 의미하며, 그 범위는 다음과 같습니다.

1. 지배주주등:
   • 지분율 기준: 법인의 발행주식 총수의 1% 이상을 소유하고, 본인 및 그와 특수관계에 있는 자의 지분 합계가 해당 법인에서 가장 많은 주주 그룹에 속하는 자를 의미합니다.
   • 사실상 영향력 기준: 주식 보유 현황과 무관하게 임원의 임면권 행사, 사업 방침 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상의 영향력을 행사하는 자를 포함합니다.
     
2. 지배주주등과 특수관계에 있는 자:
   • 지배주주등의 배우자, 4촌 이내의 혈족, 3촌 이내의 인척 등을 포함합니다.
     
     결론적으로, 창업주인 대표이사, 최대주주 및 그 가족 등 지배주주에 해당하는 임직원은 2024년부터 직무발명보상금에 대한 연 700만 원 비과세 혜택을 적용받을 수 없으며, 수령액 전액이 과세 대상 소득이 됩니다. 반면, 지배주주에 해당하지 않는 일반 임원(예: 지분이 없는 전문경영인)은 종전과 같이 비과세 혜택을 적용받을 수 있습니다.
     

4. 세무 리스크 관리의 최종 관문: 보상금액의 적정성

모든 형식적 요건을 충족하더라도, 지급된 보상금액이 발명의 가치나 회사가 얻을 이익에 비해 사회 통념상 현저히 ‘과다’하다고 판단될 경우, 과세당국은 이를 문제 삼을 수 있습니다.

• 회사 측 리스크: 과다 지급된 금액에 대해 R&D 세액공제가 부인될 수 있으며, 특수관계인에게 지급된 경우에는 법인세법상 ‘부당행위계산 부인’ 규정이 적용되어 추가적인 세액이 추징될 수 있습니다.
  
• 수령자 측 리스크: 비과세 혜택이 부인될 뿐만 아니라, 해당 금액이 상여 또는 배당으로 처리되어 높은 세율의 소득세가 부과될 수 있습니다.
  
  
  따라서, 직무발명보상규정에는 발명의 경제적 가치를 객관적으로 평가할 수 있는 산정 기준(예: 매출 기여도, 비용 절감 효과, 기술의 독점성, 개발 난이도 등)을 구체적으로 명시하고, 모든 보상금 지급 절차와 근거 자료를 명확히 문서화하여 보관해야 합니다.
  

기업의 대응을 위한 제언

직무발명보상제도의 변경된 법규 환경에 효과적으로 대응하기 위해, 기업은 다음의 조치를 실행해야 합니다.

1. 내부 규정의 즉시 점검 및 개정

현재 시행 중인 직무발명보상규정이 2024년 개정 세법 내용을 정확히 반영하고 있는지 변리사, 세무사 등 법률 전문가의 검토를 거쳐 개정 작업을 진행해야 합니다.

2. 특수관계인 목록의 식별 및 관리

재무 및 회계 부서는 법인 내 ‘특수관계인’에 해당하는 임직원 목록을 명확히 식별하고, 이들에 대한 보상금 지급 시 원천징수 의무를 정확히 이행하여 세무상 오류를 방지해야 합니다.

3. 객관적인 발명 평가 시스템의 구축

보상금 산정의 객관성과 합리성을 확보하기 위한 체계적인 ‘발명 평가 시스템’을 구축해야 합니다. 이는 세무 리스크를 최소화할 뿐만 아니라, 보상 제도의 공정성에 대한 직원들의 신뢰를 제고하는 효과도 있습니다.


직무발명보상제도는 기업의 핵심 기술 자산을 보호하고, 인재 경쟁력을 강화하며, 재무적 이익까지 창출할 수 있는 필수적인 경영 전략입니다. 복잡한 법률 및 세무 규정을 정확히 이해하고 전문가의 조력을 받아 자사에 최적화된 제도를 설계하고 운영하는 것이 무엇보다 중요합니다.